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実際にはそんなに働いてない？！

まず、一番わかりやすいのは、「実際にはそんなに働いていないだろう。」という反論です。この反論は、タイムカードなどの客観的資料があってもされます。例えば、タイムカード上は９時に出勤して２１時に退勤したと打刻されているとします。これについて「そのうち１８時以降は特にしなければならない仕事はなかった、あったのなら何をやったのか説明しろ」みたいな反論がくるわけです。ここではあまり細かい説明をすることはできませんが、裁判所は原則としてタイムカードに打刻されている通りの労働時間だと認めます。
しかし、休憩時間が打刻されていなかったからといっても１時間くらいの休憩があったとされることがほとんどですし、始業時間よりも早く仕事を始める、いわゆる「早出残業」については裁判所は残業だと認定することには消極的だと考えられます。労働時間として認められるには、会社からの指揮命令に基づいた労務を提供していることが必要となりますが、早出残業は会社がその労働を把握していないことが一般だからでしょう。あとは、例えば運転手さんの待機時間などもよく争われますが、法的に難しい話になってくるので、直接お問い合わせください。

残業代が既に払われてる？！

次に会社の反論として考えられるのは、もう残業代を払っているというものです。どういうことかというと、毎月会社が残業代を細かく計算するのが大変なので、最初から「毎月３０時間くらい残業するだろうから、残業代として毎月５万円を払っておく」ということがよくなされます。そうすると、残業時間が３０時間より少ない場合には、会社は毎月残業代の計算をしなくて良くなるわけです。このように固定の金額で支払われる残業代を「みなし残業代」とか「固定残業代」といいます。
このように説明すると、例えば基本給３０万円の人が残業代を請求したときに、会社から「そのうち１０万円は残業代だ」という反論がされるようにも思えます。

しかし、裁判所はそのような主張を認めません。みなし残業代を有効というために必要な条件を判示しています。いろいろ争いがあるところですが、少なくとも通常の給料部分と残業代部分が給与明細などで明確に分けられていることが必要とされています。両者が分けられていなければ残業代として支払ったとは認めないということです。しかも、ちゃんと「残業代として」支払ったことが必要です。よくある例で言うと、「職務手当」や「業務手当」いう名目で支払われている金額が残業代であるという主張がよくなされます。これが残業代なのかどうかは、裁判例の基準も定まっておらず、よく争われます。

管理職だから支払わない？！

最後に、これも本当によく主張されるのですが、管理職は管理監督者に当たるから残業代を支払わないという反論です。
法律上の管理監督者に当たる労働者は、残業代が支払われません。
そういう意味で、認められればほぼ会社が全面的に勝利したということになります（深夜割増賃金など支払わなければならないものもありますが。）。
労働者の皆さんの中にも、管理職は残業代が払われないと思っている人がよくいます。
しかし、実は、会社内での管理職は、法律上の管理監督者とイコールではありません。そして会社内でのほとんどの人は管理監督者ではないと思っていただいて差し支えありません。法律上の管理監督者にはどういう人なのかというと、裁判例の判断基準は、①労務管理上の使用者との一体性、②労働時間管理を受けていないこと、③基本給や手当面でその地位にふさわしい処遇を受けていることを考慮するというものです。イメージとしては「経営者側の人」です。
ですから、会社の経営に大きな決定権や影響力があり、出勤も退勤も比較的自由で、かつ報酬も良い人が管理監督者ということになります。これまでの裁判例では、工場長、部長、店舗の店長や支店長の地位にある人について管理監督者でないという判断がされることが多いです。中小企業で管理監督者というと、基本的に社長か、それにとても近い人になるでしょう。大企業なら取締役レベルでしょう。東京地裁の運用においても、管理監督者の主張が認められることはまずないという印象です。
ただし、管理監督者とまでは言えなくても、それに近い立場にいたということが、和解の条件などに影響することもあるので、油断せずに戦う必要があります。